Kreeften zijn in Europese wateren geen zeldzaamheid. Van de Zwarte Zee, tot aan de Lofoten in Noorwegen komen kreeften voor. Er is maar één voorwaarde die de Homarus gammarus zoals de wetenschappelijke naam van de Europese zeekreeft luidt aan zijn leefomgeving stelt: deze moet rotsachtig zijn. Gaten en spleten tussen de rotsen bieden het dier schuilplaatsen. In de Oosterschelde komt van nature geen rotskust voor; de bodem van de zeearm is grotendeels zandig en slikkig. Er werden pas 150 jaar geleden grote hoeveelheden stenen in de zeearm in de constructie van dijken gebruikt en dat zijn mooie schuilplaatsen gebleken voor de Oosterscheldekreeft. 
 
Vissers kenden en kennen de Oosterschelde goed. Zij waren dan ook verbaasd toen in 1883 een kreeft, de allereerste, gevangen werd. Later werden alle vangsten nauwkeurig bijgehouden door het Bestuur van de Visscherijen op de Zeeuwsche Stromen. Daaruit bleek onder andere dat de populatie kreeften bijvoorbeeld na strenge winters bijna verdween, om daarna weer langzaam op te krabbelen. De conclusie is onontkoombaar: de Oosterscheldekreeft, is een immigrant. Maar waar komt “onze” kreeft dan oorspronkelijk vandaan?
 
In de Gouden Eeuw was Zierikzee de plaats waarvan uit zo ongeveer alle Noorse kreeften naar de belangrijkste steden in Europa vervoerd werden. Het verhaal gaat dat in de 18e eeuw bij Zierikzee een schip met levende Noorse kreeften gezonken zou zijn. Deze dieren ontsnapten en dit zouden de voorouders van de Oosterscheldekreeft zijn. 
Dit is typisch een broodje-kreeft-verhaal, menen veel biologen dan ook. Het klinkt leuk, zeiden ze, maar is ver verwijderd van de biologische werkelijkheid. Zij wijzen erop dat kreeften in hun vroegste jeugd, als ze uit het ei gekomen zijn, als larfje een poosje rondzwemmen. Pas na zo’n twee weken zakken ze naar de bodem, op de plaats waar de stroom ze heen heeft gevoerd.
 
In de Noordzee komen bij Noorwegen en Zweden rotsige bodems voor, net als in het Nauw van Calais tussen Frankrijk en Groot-Brittannië. Ook liggen er hier en daar scheepswrakken en stenen uit de IJstijd in de Noordzee; een uitstekende huisvesting voor kreeften. Dat kreeftenlarven door stromingen in Zeeuwse wateren kunnen belanden is dan ook heel waarschijnlijk.
De Oosterscheldekreeft is dus hoogstwaarschijnlijk als larfje ooit vanuit de Noordzee naar binnen gespoeld en heeft zich daar, in de Oosterschelde, tamelijk maar niet volledig, geïsoleerd voortgeplant. Er is namelijk nauwelijks uitwisseling van water van de Oosterschelde met de Noordzee.

Er was uiteindelijk Europees DNA-onderzoek voor nodig om wat helderheid over de Oosterscheldekreeft te verschaffen. Dat onderzoek heeft uitgewezen dat de smakelijke geleedpotige uit de Oosterschelde herkenbaar afwijkend DNA heeft.
 
De geschiedenis van de Oosterscheldekreeft kan nu als volgt geschetst worden. Voor de afsluiting in 1868 van het Kreekrak tussen Zuid-Beveland en Brabant konden vanuit de Noordzee naar binnen gespoelde larfjes niet blijven leven, groeien en zich voortplanten omdat in de winter het zoutgehalte in de Oosterschelde sterk daalde. Het zoete water van de rivier de Schelde liep namelijk in de winter voor een groot deel door de Oosterschelde naar zee. Na de afsluiting gebeurde dit niet meer en kon het zoete water alleen nog maar via de Westerschelde naar zee. Zo begon de vanaf die tijd de opbouw van de kreeftenpopulatie in de Oosterschelde. Behalve tegen water met een verlaagd zoutgehalte, kunnen kreeften ook niet tegen water met een heel lage temperatuur. Als er eens een strenge winter was in de afgelopen anderhalve eeuw werd de kreeftenbevolking dus gedecimeerd. Tijdens de aanleg van de Deltawerken gingen ook veel kreeften dood door de massa zoet water die vanuit de grote rivieren door de Oosterschelde naar de Noordzee stroomde. 
 
Dat proces, sterfte door lage temperaturen en lage zoutgehaltes, zorgde ervoor dat steeds opnieuw de kreeftenpopulatie opgebouwd moest worden vanuit een paar hele sterke kreeften die alles overleefd hadden. Door deze sterke genetische selectie hebben er dus maar weinig kreeften bijgedragen aan het DNA van de huidige Oosterscheldekreeft. Kreeften elders in Europa hebben veel meer variatie in hun DNA. Er is dus een echt verschil en zo kreeg de Oosterschelde dus zijn eigen kreeft.